Berdasarkan informasi lisan dari tokoh-tokoh masyarakat, tokoh adat, pemuka agama bahwa pada awalnya Desa Mengkudu dikenal dengan nama Desa Kerang II Dili, Kecamatan Tanjung Harapan. Masyarakat setempat lebih sering menyebut Desa Mengkudu dengan sebutan Desa Kerang Dili. Asal mula Desa Mengkudu berasal dari gabungan UPT Transmigrasi pada taun 1992 lalu berkembang menadi Desa Persiapan dan menjadi Desa Devinitif pada Tahun 1995 yang disebut dengan DESA MENGKUDU.
.
Sejak lahirnya Desa Mengkudu hingga saat ini (Tahun 2023) telah mengalami kali pergantian Kepala Desa, Bapak Mihin adalah pemimpin Desa Mengkudu yang pertama yang di sebut dengan PEMBEKAL, kepemimpinan Beliau berakir pada Taun 1995. dan dilanjutkan oleh Bapak PANGGEL sampai dengan Tahun 2005.
Pada Tahun 2005 diselenggarakan Pilkades secara demokratis dengan aturan yang ditetapkan oleh Pemerintah Kabupaten Paser dan terpilihlah Kepela Desa Bapak ANDIS FAUZI untuk periode Tahun 2005 - 2010, Periode ke 2 Tahun 2010 - 2016 di pimpin oleh Bapak REBUT HAMDI, Periode ke 3 Tahun 2017 - 2023 kembali di pimpin ole Bapak ANDIS FAUZI dan Periode ke 4 Tahun 2023-2029 kembali di pimpin oleh Bapak REBUT HAMDI.
Demikian selanyang pandang atau sejarah singkat Desa Mengkudu yang dapat kami sampaikan kepada para pegiat Medsos, semoga dapat bermanfaat untuk kita semua, terima kasih.